Debido al cambio de normativa, posterior al terremoto del 27 de febrero del año 2010, fue necesario incorporar al diseño original completo aisladores sísmicos, oportunidad en la que la autoridad de la fecha planteó la necesidad de dividir la ejecución del proyecto en dos etapas separadas, lo que además permitía mantener la funcionalidad del establecimiento, debido a que se construye en el mismo terreno donde está emplazado.
La 2ª etapa considera la construcción de un Programa Médico Arquitectónico de 48.527 m2 y contempla, en términos generales, los recintos correspondientes al Consultorio de Especialidades, Salud Mental (Hospital de día y Hospitalización de corta estadía), áreas de hospitalización neonatológica, pediátrica y de la mujer, incluyendo UPC infantil, áreas administrativas, Jardín Infantil y Club Escolar. Con ello el proyecto completo considera 546 camas indiferenciadas, 33 de salud mental y 165 de paciente crítico.